我是萨沙，我来回答。
这要分时期来看。
民国初期，最强的军阀自然是袁世凯。
袁世凯掌握北洋六镇的军队，相反南方革命军则没有同一个领导，大部分是各省的新军。
当时袁世凯实力很强，一度控制了大部分中国。
袁世凯的结局大家都知道，做了几天皇帝，在众叛亲离下挂了。
袁世凯死后，实力最强的就是皖系军阀段祺瑞。
段祺瑞是袁世凯的左膀右臂，也是二号人物。
可惜，段祺瑞并没有直属的军队，所以根基不牢。
在和直系的斗法中，最终皖系惨败，被军人出身的曹锟、吴佩孚打垮。
段祺瑞下场也还不错，后期又复出了一下，直接就退休了，最后71岁善终。
段祺瑞虽不是什么好人，最后也拒绝做汉奸，不受日本人的拉拢。
资料中这么写：1931年九一八事变后，因日本军队占领中国东北，拒绝与日本人往来，段祺瑞颇有民族操守。
皖系垮台以后，最强的就是直系军阀。
直系军阀是枪杆子里面出政权的正规军，源自于北洋新军，战斗力还是比较强的。
不但皖系仓促编组的军队，10天内就被直系击溃，连盘踞东北逐步强的奉系军阀张作霖，开始也不是他们对手。
不过，张作霖内功深厚，在一系列打拉锯战中，联络归属直系的军阀冯玉祥窝里反，终于在第二次直奉战争中获胜。
吴佩孚还是有自己一块地盘。
这次战争之后，全国最强大的军阀毫无疑问，就是张作霖了。他的安国军政府，也是西方承认的中国政府。
不过，此时国民政府开始北伐。
直系和奉系军阀都是一败涂地，张作霖被日本人炸死，吴佩孚则直接下野，最终65岁病死。吴佩孚也是颇有骨气，拒绝出来做汉奸，资料中这么写：日本占领北京后日本驻华特务机关首脑土肥原贤二亲自出马，前来拜会吴佩孚，引诱吴出山，被吴拒绝。
