中国滥用抗生素的问题很严峻，近期的研究发现，长江流域抗生素浓度偏高，水生态系统受到破坏。长三角约40%孕妇的尿液中检出抗生素，近80%儿童的尿液中检出兽用抗生素，部分检出的抗生素已在临床中禁用，有可能严重损害人体免疫力。
据《瞭望》新闻周刊报导，最近部分高校与科研院所的调查显示，长三角约40%孕妇的尿液中检出抗生素，近80%儿童的尿液中检出兽用抗生素。这意味着抗生素污染，尤其是长江水体污染现状堪忧。
河海大学长江保护与绿色发展研究院近期一项调研显示，长江抗生素平均浓度为156纳克／升，高于欧美一些发达国家。长江下游抗生素排放量居全国前三位，年排放强度大约为60.0千克/平方公里。
南京水科院生态所所长、长江保护与绿色发展研究院生态环境中心主任陈求稳教授研究发现，抗生素及其代谢产物对不具耐药性的微生物、浮游植物、鱼类等水生生物有潜在毒理风险，破坏水生食物链的能量传递，进而影响高营养级生物及水生态系统健康。
南京水科院生态所高级工程师王智源认为，“如果抗生素使用不严加管控，未来仍存增长趋势。”他指出，长三角地区人类活动强度高、抗生素使用量大，抗生素污染防控形势相比长江中上游更严峻。
抗生素污染的源头来自几个方面，一是医用，二是畜牧养殖业，三是食品加工业和公众日常生活使用，但以前二者为主。
长江水中抗生素主要来自医院和药厂废水、水产和畜禽养殖废水以及垃圾填埋场。
报导称，调研显示，长江下游抗生素排放量居全国前三位。长三角某市水源地附近有3家医药公司排污口，一些长江支流交汇处有六七家制药厂，废水含有高浓度抗生素。
大部分的抗生素无法在现有工艺下有效去除，导致河湖水体成为抗生素和耐药性的基因库，将威胁长江流域民众安全。
多名专家指出，当前对抗生素滥用监管不足，导致目前江河湖库水体抗生素含量严重偏高。
中国是抗生素滥用最严重的国家。此前就有报告称，中国人每年使用近8万吨抗生素，动物使用的则更多；抗生素又通过各种方式进入水、土中，致使中国人饭桌上的鸡、鸭、猪、牛、鱼全部沦陷，循环后，再一次危及人体。
2015年时任中国科学院广州地球化学研究所研究员应光国说，“中国是全球最大的抗生素生产国和使用国”。
2015年4月，央视新闻报导称，当年复旦大学的研究报告显示，江苏、浙江、上海一千多名8到11岁在校儿童的尿液检测中，有近6成的儿童尿液含有抗生素，四分之一检出超过两种抗生素，有些甚至有6种抗生素。
2015年6月，《羊城晚报》报导称，2014年5月，华东理工大学等机构发表的研究报告中显示，中国地表水中含有68种抗生素。
报导说，2015年中国科学院研究员应光国团队给出的报告指出，中国珠江、长江、黄河、海河、辽河等58条主要河流均检出抗生素残留，北方的海河、南方的珠江流域抗生素浓度值最高，年平均超过79.3千克/平方米；总体而言，中国东部流域的抗生素排放量密度是西部的6倍以上。
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